Harry opět tráví prázdniny u Dursleyů. Poslouchá mudlovské zprávy, aby se dozvěděl co se děje v kouzelnickém světě, poněvadž Ron a Hermiona mu píší nic neříkající vzkazy. Jednoho večera při sporu s Dudleyem se objeví na ulici dva mozkomorové a Harry je nucen vykouzlit Patrona, aby oba zachránil. Jenže Harry je nezletilý kouzelník a protože nedovoleně kouzlil, hrozí mu vyloučení z Bradavic, zničení hůlky a navíc se má dostavit na slyšení na ministerstvo kouzel. Zároveň se dozvídá, že jeho dlouholetá sousedka paní Figgová je moták (člověk, který se narodil v kouzelnické rodině, ale nemá žádné čarodějné schopnosti) a má za úkol ho hlídat.
Několik dnů po příhodě s mozkomory si pro Harryho přiletí celá delegace čarodějů. Dozvídá se, že jsou to členové "Fénixova řádu" - spolku odpůrců lorda Voldemorta. V jeho čele stojí Brumbál a členy jsou mimo jiné i Lupin, již vzkříšený Moody, pan a paní Weasleyovi, Sirius Black a také Snape. Řád sídlí ve starém domě v Londýně, který patřil rodině Blacků.
Když Harry s čaroději pozdě v noci přiletí do Siriusova domu, je řádně naštvaný. O Voldemortovi a dění v kouzelnickém světě se nic nedoví, zato v domě Řádu musí uklízet staletou špínu společně s Hermionou, Ronem a jeho sourozenci.
Na konci srpna Harry absolvuje slyšení na ministerstvu kouzel, kvůli použití Patronova zaklínadla, kde je díky Brumbálově účinné obhajobě a díky svědectví paní Figgové nakonec osvobozen. Na konci prázdnin Ronovi a Hermioně přijdou poštou prefektské odznaky. Harryho mrzí, že prefektem není on.
Po příjezdu do Bradavic není nic takové jako dřív. Hagrid není ve škole - místo něho učí péči o kouzelné tvory profesorka Červotočková. Obranu proti černé magii učí profesorka Umbridgeová delegovaná do školy přímo samotným ministrem Korneliem Popletalem. Umbridgeová trvá na tom, že praktické ukázky nejsou potřeba a k výuce postačí pouze teorie. Harry se proti tomu bouří, jenže Umbridgeová nechce o povstání Voldemorta nic slyšet a ukládá Harrymu bolestivé školní tresty a převrací zavedený pořádek školy. S Popletalem postupně vymýšlí další a další omezení. Je jmenována vrchní inspektorkou s právem odvolávat učitele.
V Nebelvírském famfrpálovém mužstvu se Ron stává novým brankářem a kapitánkou Angelina. Nebelvír vítězí nad Zmijozelem díky Harrymu, jenže po zápasu Malfoy vyprovokuje Harryho a Freda s Georgem a všichni tři od Umbridgeové dostanou doživotní zákaz hrát famfrpál. Harryho nahradí Ginny a jeho Kulový blesk je zamčen na řetěz u Umbridgeové, která začne dělat inspekce v hodinách, aby odstranila případné nevhodné učitele. Všichni ji zato nenávidí, kromě party zmijozelských v čele s Malfoyem, kteří jí dělají vyšetřovací sbor a okamžitě hlásí jakékoliv porušení školního řádu.
Hermiona po předchozí domluvě s Ronem a Harrym zorganizuje účast asi 20 studentů různých ročníků v Prasinkách, v hospodě "U prasečí hlavy", kde se domluví, že založí spolek pro výuku obrany proti černé magii, který povede Harry, s názvem Brumbálova armáda (BA). Studenti spolek založí tajně. Pomůže jim Dobby, který pro ně najde místnost, kde se budou moci scházet, a to komnatu nejvyšší potřeby.
Harry se začne potýkat s prvním milostným vztahem - s Cho Changovou. Před Vánocemi se mu zdá živý sen, jak Nagini, had Voldemorta, napadá Artura Weasleyho. Zmobilizuje Brumbála a ukáže se, že je to pravda; díky rychlému zákroku se podaří Arturovo zraněné tělo najít a včas dopravit do nemocnice sv. Munga pro kouzelnické choroby a úrazy. To mu zřejmě zachrání život. Harry, Ron i Hermiona jsou ještě tu noc dopraveni do domu Siriuse, kde pak stráví i celé Vánoce.
Během svátků několikrát navštíví v nemocnici pana Weasleyho. Potkají tam i Nevilla, který pravidelně navštěvuje svoje rodiče.
Těsně před začátkem druhého pololetí si Harryho zavolá Snape a řekne mu, že ho bude individuálně učit "Nitrobranu", neboli způsob, jak uzavřít svou mysl. Harryho to moc netěší, Snape je na něj akorát nepříjemný, ale chodit tam musí, je to Brumbálovo přání. Jenže Harrymu to nejde. Zdává se mu o místnosti v Oddělení záhad na ministerstvu, ale pořád se nemůže dostat úplně dovnitř. Snape se mu vysmívá a Harry tak odmítá spolupráci. Všimne si však, že Snape si vždycky před začátkem lekce některé myšlenky odloží do Myslánky pro případ, že by se Harrymu podařilo dostat se mu do hlavy a nějaké vidět. A proto jednou, když Snape narychlo vyběhne z kabinetu, ponoří se do Myslánky a vidí v ní svého otce a Siriuse jako studenty pátého ročníku v Bradavicích, při ponižování a posmívání se Snapeovi. Harry je v šoku; považoval svého otce téměř za svatého, ale teď vidí, že se jeho otec choval hrozně.
Hermiona požádá Ritu Holoubkovou, zda by nenapsala článek o Harrym a jeho setkání s Voldemortem. Novinářka Rita přijímá a článek za dva týdny k velkému zděšení profesorky Umbridgeové vychází v Jinotaji. Po tomto zjištění Umbridgeová ještě přitvrdí. Dokonce zakáže jakékoliv školní spolky a Brumbálova armáda je nucena scházet se potají. Studenti vymýšlejí kulišárny proti Umbridgeové a učitelé tomu ani moc nebrání.
Vrací se Hagrid. Neochotně vykládá Harrymu, Ronovi a Hermioně o zážitcích s obry, které měl získat pro Řád, aby bojovali proti Voldemortovi. To se mu bohužel nepodařilo. Zato si s sebou přivezl nevlastního bratra Drápa a žádá Harryho s Hermionou, aby se o něj starali.
Protože je Harry v pátém ročníku, musí si pro zbývající dva roky vybrat předměty v kterých bude pokračovat s ohledem na výběr budoucího povolání. Studentům radí s výběrem ředitel jejich koleje a také profesorka Umbridgeová. Harry chce být bystrozorem.
Harry stále pokračuje s výukou obranných kouzel v Brumbálově armádě, ale kamarádka Cho Changové to na ně práskne Vyšetřovací komisi. Harry je chycen a odveden do Brumbálovy pracovny, kde je vyslýchán profesorkou Umbridgeovou. Harry všechno zapírá a nakonec to na sebe vezme Brumbál. Kouzelníci z ministerstva ho chtějí tedy odvést, ale on jim zmizí před očima neznámo kam. Po tomto incidentu se Umbridgeová stává ředitelkou.
Na hradě probíhají zkoušky NKÚ (náležitá kouzelnická úroveň). Harry si vede velice dobře, nejlepší výkon podá v obraně proti černé magii. Při úplně poslední písemné části zkoušky se mu zdá sen - Sirius je v místnosti v Oddělení záhad Ministerstva kouzel a Voldemort ho tam mučí. Harry mu chce pomoci. Rozhodne se na Hermionin popud, že si nejdříve ověří, jestli je to pravda a podívá se k Siriusovi domů. Ale jediný krb, odkud se dá Letaxem dostat k němu, je ten u Umbridgeové. Harry tam s pomocí Rona, Hermiony a dalších vnikne a opravdu se dostane do domu Blackových. Sirius tam není. Mezitím se však vrací Umbridgeová (kterou se ostatní snažili odlákat) a pomocníci Malfoy, Crabbe a Goyle, kteří mají víc pravomocí než prefekti, zadrží všechny, co mu pomáhali. Harry si náhle vzpomene, že na hradě přece jen zbyl jeden člen Řádu Fénixe, který je přítomen při jeho chycení, a to Snape. Trikem mu prozradí, o co mu jde. Hermiona Umbridgeové navykládá, že ona a Harry ví o tajné zbrani (proti ministerstvu kouzel) a nabízí jí, že ji k ní zavedou. Umbridgeová se nechá vlákat do Zapovězeného lesa. Tam nyní není bezpečno; po odchodu Firenzeho do Bradavic, kde nyní učí jasnovidectví, zanevřeli ostatní kentauři na lidi. Když jim Umbridgeová začne nadávat, kentauři se jí zmocní a odvlečou do lesa. Harry s Hermionu jsou jimi také obklíčeni, na pomoc jim však přichází obr Dráp, kentauři se rozprchnou a Hermiona s Harrym utečou. Na kraji lesa oba potkají Rona s Nevillem, který byl v BA jeden z nejlepších, Ginny a její kamarádku Lenku (také z BA). Mají s sebou i hůlky, které Harrymu a Hermioně Umbridgeová vzala při výslechu. Ostatním z Brumbálovi armády se totiž podařilo přemoci Malfoye a uprchnout.
Kvůli Siriusovi se všichni potřebují dostat do Londýna a tak se dohodnou, že poletí na testrálech (okřídlených černých koních, které chová Hagrid). Dostanou se na Ministerstvo kouzel a Harry se s přáteli přes různé komnaty v Oddělení záhad dostává až do místnosti ze svého snu. Ale Sirius tu není. Je tu jen světelná skleněná koule, na které je napsáno Voldemortovo a Harryho jméno. Je to věštba, která byla vyslovena před patnácti lety. Harry to netuší a bere kouli do ruky. Náhle se za nimi objeví přesila Smrtijedů (mezi nimi je i Lucius Malfoy) včetně těch, kteří před nedávnem uprchli z Azkabanu. Prozrazují jim, že je to věštba a chtějí, aby jim ji Harry dal. Šestice se dá na útěk během něhož vysílají kletby na své pronásledovatele. Náhle se objeví Sirius, Lupin a další členové Řádu a pustí se do boje se Smrtijedy. Neville, zasažen tancovací kletbou, při souboji rozbije proroctví. Náhle se objeví Brumbál a Smrtijedy sváže. Jediný, kdo přišel o život je Sirius.
Ve vstupní hale ministerstva Brumbál porazí Voldemorta, ten ale není zabit. Snaží se proniknout do Harryho těla, ale Harry se za cenu šílené bolesti ubrání. Přichází ministr kouzel Popletal a uznává, že měli Harry s Brumbálem celou dobu pravdu a Voldemort se doopravdy vrátil.
V Bradavicích se Harry od Brumbála dozvídá, jak je to s věštbou - byla to profesorka Trelawneyová, kdo ji vyslovil. Proroctví se opravdu týká Harryho a Voldemorta a praví, že ani jeden nemůže žít, když druhý zůstává naživu. Naštěstí se Voldemort nedozvěděl obsah věštby a tak jedinými, kdo ji zná, je Harry, profesor Brumbál, Ron a Hermiona. Mimoto se Harry dozvídá, že do své plnoletosti (17 let) musí být každé léto u Dursleyů, protože je tam chráněn rodinnou krví - díky tetě Petunii. Harry je šokován proroctvím a zdrcen Siriusovou smrtí. Neshodne se s Brumbálem v názoru na Snapea. Ten tvrdí, že je věrný člen Řádu, a že právě on zařídil, že Fénixův řád přišel Harrymu a ostatním na pomoc. Ale Harry tomu nevěří, nebo spíš nechce věřit. Je naštvaný a klade si za vinu Siriusovu smrt. Nejde ani na slavnost na konci roku a všem se vyhýbá.
Po příjezdu Bradavického expresu na nádraží v Londýně, obklopuje Moody, Lupin a další členové Řádu Dursleovy a varují je, aby Harryho přes prázdniny nešikanovali. Harrymu pak slibují, že budou v kontaktu.